Еш Кетчум разом із Місті та Трейсі подорожує Оранжевими островами, коли раптово починається потужний шторм, який збиває їхній човен з курсу й прибиває до острова Шамуті. Місцеві жителі саме готуються до щорічного Фестивалю Легенди, і коли вони дізнаються, що серед прибулих є тренер Покемонів, то оголошують Еша «Вибраним» — тим, хто, згідно з давнім пророцтвом, має врятувати світ. Дівчина на імʼя Мелоді, яка виконує роль фестивальної діви, пояснює йому завдання: він має вирушити на три острови, де живуть легендарні птахи, й зібрати три скляні сфери, що уособлюють стихії вогню, льоду та блискавки. Лише після цього вона зможе виконати на святилищі Шамуті пісню, яка заспокоїть світ .
Причина хаосу, що охопив планету, криється в діях колекціонера Лоуренса III. Він вирішив утілити пророцтво у власних корисливих цілях: спершу викрав Молтреса, а згодом і Запдоса, аби змусити зʼявитися Луґію, охоронця моря, і додати його до своєї колекції. Викрадення легендарних птахів порушило крихку рівновагу стихій, через що погода в усьому світі збожеволіла, а Покемони почали поводитися незвично. Еш разом із Пікачу вирушає на острів Вогню, де знаходить першу сферу, але там на них чекає не лише Лоуренс, а й розлючений Запдос, який прилетів відвоювати територію .
Зрештою Еш опиняється в центрі битви трьох легендарних птахів, які несамовито атакують одне одного. Луґія, який прокидається від цього гуркоту, намагається їх зупинити, але навіть його сил не вистачає. Він телепатично звертається до Еша як до Вибраного, і хлопець розуміє, що мусить дістатися до острова Артикуно, аби здобути останню сферу. Навіть Команда Ракета, яка зазвичай полює за Пікачу, цього разу долучається до порятунку світу, усвідомлюючи, що без нього їм не буде де чинити свої злочини. Коли всі три сфери нарешті опиняються на святилищі, Мелоді грає мелодію Луґії, і стихії заспокоюються. Світ врятовано, а Еш доводить, що бути Вибраним — це не про силу, а про готовність ризикнути всім заради інших .